中统领导人是陈果夫、陈立夫兄弟，军统领导人依次是戴笠、毛人凤。中统和军统的区别在于：1、工作任务不同;2、所属机构不同;3、管辖领域不同。
工作任务不同：中统的工作重心是监控国民党机关内部情况;打击一切国民党之外的党派;控制社会舆论和思想。军统主要任务是收集各类情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。
所属机构不同：中统的是党中央的情报机构。军统的是直接属于国民党军队序列。
管辖领域不同：军统主要管辖军队、警宪以及各地的交通部门。中统主要管辖的就是国民党的党务问题以及全国各地的行政机关以及学校的党务问题，还有社会上的教化舆论。
中国国民党中央执行委员会调查统计局，简称中统。中统以各级国民党党部为基地，在各省市国民党党务内，均设有调查统计室，在大学院校、重点中学、文化团体内，也都建立了所谓的党员调查网，从事各种特务活动。中统的主要任务是调查和掌握，包括共产党在内的国民党敌对势力，从而稳固国民党的统治。
在抗战之前，中统的势力非常大。中统的实际控制人陈果夫，陈立夫兄弟，本身在国民党内具有强大的势力。当时有“蒋家天下陈家党”之说，可见陈氏兄弟在国民党内的地位。因此，国民党的各级基层党组织，都是中统的特务网延伸。
但是抗战期间，由于大片国土沦陷，沦陷区内的国民党基层机关基本上都被破坏，中统势力大为缩水。再加上陈氏兄弟并不如戴笠一般对蒋介石唯命是从，中统所获资源也渐渐不如军统，因此，军统势力在成立后期逐渐大于中统。
军统全称为国民党军事委员会调查统计局。九一八事变后，蒋介石为了进一步加强集权，黄埔生贺衷寒、戴笠、郑介民、康泽等人组织了一个以军人为主体的复兴社(又称蓝衣社)。1932年，在复兴社内，又设了力行社，并设有一个专门进行谍报活动的特务处，戴笠任处长，这就是军统的前身。
军统和中统从来没有和睦相处过，两大特务组织互相仇视，甚至出现过杀害对方特工人员的行为。可见，两大特务组织的争斗已进入白热化。当然，1949随着国民党败退台湾，两大特务组织纷纷改组，蒋经国接手国民党情报机构，中统和军统(保密局)也彻底烟消云散。
背景
1931年"九一八"事变后，国民政府和蒋介石为了进一步加强中央政府的集权，以加强国家统一，为日后全面抗战做准备，效仿墨索里尼的"黑衫党"，在黄埔军人贺衷寒、戴笠、郑介民、康泽等"十三太保"的策划下，组织了一个以军人为主体的复兴社(有人称蓝衣社)，1932年又在复兴社内设核心组织力行社，设有一个专门进行谍报活动的特务处，它是军统局的最前身。戴笠为处长。
1937年底， 力行社特务处，与特工总部(1927年成立之"国民政府军事委员会密查组")合并，成立"国民政府军事委员会调查统计局"。下辖二处，第一处负责党务，第二处则负责情报，并直接向委员长蒋中正负责。力行社特务处编为该局第二处。
国民政府军事委员会调查统计局，简称"军统"。它是国民党两个主要特务组织之一。其前身是复兴社的核心组织"力行社"的特务处。
抗战开始的1938年8月，该局重组，第一处另成为"国民党中央执行委员会调查统计局"(即中统)，而军统局仍交由戴笠负责。除负责刺探情报，进行反谍工作外，军统局亦以刺杀等手段执行情报任务。抗战期间军统局曾多次刺杀投日的军政人员，如暗杀张啸林、唐经，暗杀未成的有殷汝耕、季云卿、汪精卫、周佛海。而隶属BIS的各个"游击司令部"和"交通警察大队"则深入日寇占领区开展广泛的游击战，对打击日寇和汉奸，起了不小的作用。也有一些军统人员投降日本，日本占领区的重要特务头子大多来自军统中统，如李士群、丁默邨等。
特工人员最多时近5万名，分布到中国国民党的军队、警察、行政机关、交通运输机构，乃至驻外使领馆，专门以监视、绑架、逮捕和暗杀等手段进行活动。军统局在许多地方设有秘密监狱和看守所。抗日战争期间，也从事一些搜集敌方情报并敌后活动。(《军统对日战揭秘》详细记录了军统人员对日情报战和暗杀活动的经过)1946年8月，军事委员会改组国防部，军统局的公开特务武装部分与军委会军令部二厅合并为国防部第二厅，郑介民任厅长;秘密核心部分组成国防部保密局，毛人凤为局长。
